Новости

Sep 10, 2023

Отлично

Паразиты и переносчики

Паразиты и переносчики, том 16, Номер статьи: 186 (2023) Цитировать эту статью

2 Альтметрика

Подробности о метриках

Вирус Росс-Ривер (RRV) является наиболее распространенным и широко распространенным в Австралии арбовирусом, передающимся комарами, и представляет собой серьезную проблему для общественного здравоохранения. Учитывая возрастающее антропогенное воздействие на дикую природу и популяции комаров, важно понять, как RRV циркулирует в эндемичных горячих точках, чтобы определить, куда следует направить усилия общественного здравоохранения. Существующие методы наблюдения эффективны для обнаружения вируса, но не дают данных о циркуляции вируса и его штаммов в окружающей среде. В этом исследовании изучалась способность идентифицировать однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) в вариабельной области E2/E3 путем создания полноразмерных гаплотипов из ряда образцов, полученных из ловушек для комаров.

Новый рабочий процесс амплификации плиточных праймеров для амплификации RRV был разработан с использованием анализа с использованием MinION компании Oxford Nanopore Technology и специального биоинформационного протокола ARTIC/InterARTIC. Создав ряд ампликонов по всему геному, стал возможен мелкомасштабный анализ SNP путем целенаправленного нацеливания на вариабельную область, которая была амплифицирована как один фрагмент, и установлены гаплотипы, которые определяют пространственно-временные вариации RRV в исследовательском центре в Виктории.

Был успешно разработан и внедрен биоинформатический и лабораторный конвейер на цельных гомогенатах ловушек комаров. Полученные данные показали, что генотипирование может проводиться в режиме реального времени и что консенсус по всей ловушке вирусов (с основными SNP) может быть определен своевременно. Минорные варианты были успешно обнаружены в вариабельной области E2/E3 RRV, что позволило определить гаплотип в сложных образцах гомогената комаров.

Разработанные здесь новые биоинформатические и влажные лабораторные методы позволят быстро обнаружить и охарактеризовать изоляты вируса вируса вируса. Концепции, представленные в этой работе, можно перенести и на другие вирусы, существующие в образцах как квазивиды. Способность обнаруживать минорные SNP и, следовательно, штаммы гаплотипов критически важна для понимания эпидемиологии вирусов в их естественной среде обитания.

Вирус Росс-Ривер (RRV) (род Alphavirus, семейство Togaviridae) — арбовирус, переносимый комарами, эндемичный для Австралии, а также обнаруженный в Папуа-Новой Гвинее и на островах южной части Тихого океана [1]. RRV может вызывать у людей полиартрит, изнурительную форму артрита, которая может вызвать долгосрочные проблемы со здоровьем [1]. RRV также проявляется такими симптомами, как лихорадка, сыпь и усталость у людей [1]. Сообщалось также о клинических признаках у лошадей [2], и они считаются усилителями вируса [3]. Основными переносчиками вируса в Австралии являются комары Aedes Camptorhynchus, Ae. vigilax, Culex annulirostris [4] и Ae. нотоскриптус [5]. Макроподы считаются основным резервуарным хозяином, но другие плацентарные млекопитающие и птицы также могут выступать в качестве резервуаров [6]. Передача вируса распространяется через укус самки комара, и иногда инфицированная самка комара может вертикально передать вирус своим яйцам, что называется трансовариальной передачей [7,8,9]. Расширение человеческой популяции в места обитания комаров увеличивает взаимодействие человека с комарами [10,11,12] и повышает риск заражения людей арбовирусами (включая RRV) [13]. Прогнозируется, что эта мировая тенденция будет усиливаться [14, 15], и поэтому мониторинг вирусов, переносимых комарами, необходим для поддержки общественного здравоохранения.

RRV был впервые обнаружен в 1958 году недалеко от Таунсвилля, на крайнем севере Квинсленда, Австралия, при этом самый старый изолят (T48) был классифицирован как G1 [16]. Существует четыре основных генотипа RRV: G3 и G4 являются прямыми потомками G1, а G2 представляет собой отдельную группу [17, 18]. Каждый из этих генотипов либо в настоящее время занимает, либо исторически занимал определенные регионы Австралии. G1 и G2, хотя, по-видимому, больше не циркулируют, часто встречались в Квинсленде и Западной Австралии до 2000 года [19]. G3, еще один исторический генотип, преимущественно располагался на Островах Кука в конце 1970-х и начале 1980-х годов [19]. Некоторые последовательности G3 были обнаружены в различных штатах Австралии в начале 2000-х годов, причем последний раз был обнаружен в 2014 году изолят из Тасмании. Эти три генотипа были в основном заменены наиболее распространенным в настоящее время генотипом G4. Штамм G4 RRV разделен на сублинии, определенные с помощью анализа сходства нуклеотидов [19]. Сублинии G4, названные G4A, G4B, G4C и G4D, были зарегистрированы в Западной Австралии, Виктории, Квинсленде, Новом Южном Уэльсе, Папуа-Новой Гвинее и на Северной территории, причем самые последние изоляты (2018 г.) были отнесены к G4B и G4A. сублинии [19].